Rođen je u Našicama, jer je njegov otac Ignjat radio kao geometar za vlastelinske obitelji Mihalović u Feričancima i Pejačević u Našicama. U Našicama je proveo samo rano djetinjstvo, a školovanje je započeo  u požeškoj gimnaziji. Nakon očeve smrti školovanje je nastavio u Zagrebu, a maturirao je u Vinkovcima (1863.). Iste je godine počeo raditi kao namjesni učitelj u osječkoj gimnaziji . Zahvaljujući stipendiji obnašao je značajne državne službe, a jedno vrijeme bio i veliki župan Virovitičke županije. Godine 1866. započeo je u Beču studij filozofije, povijesti i povijesti umjetnosti. Dvije godine kasnije upisao je i bečku Akademiju likovnih umjetnosti. Godine 1870. završio je osnovni studij u Beču i stekao titulu doktora filozofije, a iste je godine studij umjetnosti nastavio na Akademiji u Münchenu. Po završetku tog studija vjenčao se 1872. s Bečankom Wilhelminom (Minom), rođ. Fröschl, što je Kršnjavome omogućilo viši životni standard i inspirativan boravak u Italiji. Za boravka u Rimu družio se s biskupom Josipom Jurjem Strossmayerom i arhitektom Hermanom Bolleom, što je bitno odredilo njegov daljnji životni put.

Na Strossmayerov poticaj i uz njegovu veliku pomoć vratio se 1878. u Zagreb i počeo raditi kao profesor na novoosnovanoj katedri za povijest umjetnosti i klasičnu arheologiju na zagrebačkom sveučilištu. U zgradi Jugoslavenske akademije znanosti i umjetnosti organizirao je izložbe i stalni postav zbirke slika (danas Strossmayerova galerija starih majstora pri HAZU). Od godine 1879. aktivirao je rad Društva umjetnosti u kojem je godinama vršio tajničku i predsjedničku službu, priređivao izložbe i presudno utjecao na razvoj hrvatske umjetnosti i kulture na prijelomu 19. i 20. stoljeća. U okviru djelatnosti ovoga društva je, zajedno s Bolleom, postavio organizacijski temelj današnjem Muzeju za umjetnost i obrt te Obrtnoj školi u Zagrebu. Za te je zasluge 1884. odlikovan Viteškim križem ordena Franje Josipa I.

Politički se sve više udaljavao od Strossmayerove ideje jugoslavenstva, a podržavao pragmatičan stav o potrebi suradnje s Mađarima u duhu Hrvatsko-ugarske nagodbe. Godine 1884. izabran je za zastupnika u Hrvatskom saboru na listi vladine Narodne stranke u brodskom izbornom kotaru, a postao je i zastupnik u Ugarskom parlamentu u Budimpešti. Završio je i studij prava, kako bi mogao doći na položaj predstojnika vladinog odjela za bogoštovlje i nastavu. Pod banskom upravom Károlyja/Dragutina grofa Khuena Hedérváryja, Kršnjavi je u razdoblju od 1891. do 1896. uspješno razvijao hrvatsko školstvo i kulturu, a diljem Hrvatske dao je podići ili obnoviti mnoge crkve, škole i kulturne ustanove. Njegovi su politički i umjetnički stavovi uvijek bili jasno izraženi i često su nailazili na burne reakcije u javnosti.

Bio je veliki mecena brojnim mladim hrvatskim umjetnicima, kojima je omogućio školovanje i kasnije narudžbe djela. Pisao je književne i stručne radove te brojne kraće tekstove o raznim pitanjima umjetničkog, društvenog i političkog života, koje je objavljivao u novinama i časopisima ili ih izdavao kao separate. Kao dobar poznavatelj talijanske kulture i umjetnosti istaknuo se i na području prevodilaštva, podarivši nam prvi hrvatski cjelovit  prijevod Danteove Božanstvene komedije. Nakon smrti prve supruge oženio je svoju dugogodišnju suradnicu, profesoricu i književnicu Štefu, rođ. Iskra. Umirovljen je krajem 1918. kada počinje intenzivnije slikati i pisati. Umro je u Zagrebu 3. veljače 1927.

Memorija na Isidora Kršnjavoga u rodnim Našicama započela je 30. lipnja 1929. godine kada mu je Klub hrvatskih književnika i umjetnika iz Osijeka na kući u središtu Našica postavio mramornu spomen-ploču s reljefnim portretom. Ploča je sačuvana nakon rušenja kuće i danas se nalazi u spomen-sobi Isidora Kršnjavoga u Zavičajnom muzeju Našice, u kojoj se od 1982. godine izlažu umjetnine i predmeti vezani uz njegov život i rad. U Našicama je organizirana i prva samostalna izložba slika Isidora Kršnjavoga (1977.). U povodu 150. obljetnice njegovog rođenja, 1995. godine, održan je u Zagrebu i Našicama dvodnevni znanstveni skup pod pokroviteljstvom Ministarstva kulture, obrazovanja i sporta, a u organizaciji HAZU-a, Grada Našica i Ogranka Matice hrvatske Našice. Tom prigodom na zgradi hotela u središtu Našica postavljena je spomen-ploča Isidoru Kršnjavome. Veći dio izlaganja s tog skupa publiciran je u Našičkom zborniku 2, izdanju OMH Našice. Ime Isidora Kršnjavoga od 1990. godine nosi jedan gradski trg, kao i srednja škola u Našicama (od 1992.), ispred koje je još 1987. postavljena bista I. Kršnjavoga, rad akademskog kipara Želimira Janeša.

Kao i svake godine,  tako su i ovu 170. obljetnicu rođenja Isidora Kršnjavoga  u suradnji sa Zavičajnim muzejom iz Našica obilježili učenici s profesorima povijesti polaganjem cvijeća ispred biste  ovog velikana po kojem škola nosi ime.